Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC42Q96M95 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC42Q96M95 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms