Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms