Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL9A3Q14050 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms