Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SKA3Q8IX90 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
SKA3Q8IX90 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms