Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NPHP3Q7Z494 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms