Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 ZNF638-219ENST00000487638 4233 ntTSL 1 (best)2.09□□□□□ -2.075e-11■■■■■ 36.8
SF3B4Q15427 IVNS1ABP-209ENST00000494880 2527 ntTSL 1 (best)8.99□□□□□ -0.971e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 IVNS1ABP-208ENST00000491112 591 ntTSL 25.93□□□□□ -1.461e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 IVNS1ABP-206ENST00000475046 1816 ntTSL 24.99□□□□□ -1.611e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 IVNS1ABP-207ENST00000480769 3776 ntTSL 1 (best)3.51□□□□□ -1.851e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-DISC1-203ENST00000602885 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 215.21■□□□□ 0.032e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-DISC1-204ENST00000602956 3294 ntAPPRIS P5 TSL 212.13□□□□□ -0.472e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-DISC1-201ENST00000602567 3454 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.45□□□□□ -0.582e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-DISC1-205ENST00000602962 3557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.59□□□□□ -0.712e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-DISC1-202ENST00000602634 3429 ntAPPRIS ALT2 TSL 210.32□□□□□ -0.762e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-202ENST00000413309 646 ntTSL 39.96□□□□□ -0.822e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-201ENST00000366639 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.1□□□□□ -0.952e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 TSNAX-203ENST00000475168 5629 ntTSL 27.35□□□□□ -1.232e-9■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 HSF4-221ENST00000522459 358 ntTSL 312.65□□□□□ -0.384e-8■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 VARS-216ENST00000428445 863 ntTSL 515.06■□□□□ 01e-8■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MED24-233ENST00000585306 597 ntTSL 413.96□□□□□ -0.176e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MED24-216ENST00000543759 628 ntTSL 410.46□□□□□ -0.736e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MED24-229ENST00000582023 592 ntTSL 49.83□□□□□ -0.846e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MED24-223ENST00000580517 567 ntTSL 47.03□□□□□ -1.286e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MED24-215ENST00000537674 548 ntTSL 37.03□□□□□ -1.286e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MED24-218ENST00000578161 580 ntTSL 35.03□□□□□ -1.66e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.451e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 ZBTB48-206ENST00000482360 2484 ntTSL 1 (best)16.68■□□□□ 0.261e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 ZBTB48-208ENST00000498342 2461 ntTSL 215.16■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 ZBTB48-207ENST00000488936 784 ntTSL 313.15□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-214ENST00000569441 1428 ntTSL 527.41■■□□□ 1.981e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-209ENST00000567120 2205 ntTSL 1 (best)25.95■■□□□ 1.751e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-212ENST00000568689 1998 ntTSL 325.77■■□□□ 1.721e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-208ENST00000566199 719 ntTSL 323.93■■□□□ 1.421e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.381e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.311e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-213ENST00000569396 729 ntTSL 521.91■■□□□ 1.11e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 11e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.841e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-207ENST00000565302 1975 ntTSL 320.04■□□□□ 0.81e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-210ENST00000567901 785 ntTSL 319.65■□□□□ 0.741e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.561e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.331e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-204ENST00000563088 1067 ntTSL 316.49■□□□□ 0.231e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-206ENST00000473097 975 ntTSL 316.31■□□□□ 0.21e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-208ENST00000476718 1001 ntTSL 314.64□□□□□ -0.071e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-210ENST00000478517 846 ntTSL 314.54□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.311e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 MXRA8-207ENST00000474033 1171 ntTSL 1 (best)12.5□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 JMJD8-215ENST00000570037 870 ntTSL 311.43□□□□□ -0.581e-6■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM4-213ENST00000638994 657 ntTSL 5 BASIC10.84□□□□□ -0.674e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM4-202ENST00000336075 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.84□□□□□ -0.674e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-202ENST00000369827 1073 ntTSL 5 BASIC10.35□□□□□ -0.754e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-210ENST00000472225 902 ntTSL 310.09□□□□□ -0.794e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-201ENST00000241337 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.834e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-213ENST00000496578 1168 ntTSL 29.32□□□□□ -0.924e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-203ENST00000369829 914 ntTSL 3 BASIC9.08□□□□□ -0.964e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-207ENST00000460717 1449 ntTSL 2 BASIC7.3□□□□□ -1.244e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-209ENST00000467579 476 ntTSL 37.16□□□□□ -1.264e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-204ENST00000369831 1730 ntTSL 2 BASIC7.13□□□□□ -1.274e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-205ENST00000414179 982 ntTSL 1 (best) BASIC6.25□□□□□ -1.414e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 GSTM2-206ENST00000442650 1478 ntTSL 5 BASIC4.81□□□□□ -1.644e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 PPP6R1-206ENST00000591323 848 ntTSL 314.74□□□□□ -0.052e-10■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.111e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.091e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 HNRNPA3-202ENST00000411529 5688 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.68□□□□□ -0.862e-7■■■■■ 36.7
SF3B4Q15427 C16orf70-206ENST00000567162 695 ntTSL 53.36□□□□□ -1.873e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.12e-8■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 VPS13D-201ENST00000011700 10969 ntTSL 1 (best)5.99□□□□□ -1.453e-7■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 STK38-201ENST00000229812 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.844e-6■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKD-204ENST00000430834 5379 ntTSL 1 (best)14.61□□□□□ -0.077e-21■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKD-202ENST00000409813 6228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.61□□□□□ -0.397e-21■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKD-201ENST00000264057 6297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.47e-21■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKD-208ENST00000471764 270 ntTSL 212.04□□□□□ -0.487e-21■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC25A39-216ENST00000592857 837 ntTSL 319.15■□□□□ 0.666e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC25A39-204ENST00000585523 574 ntTSL 417.72■□□□□ 0.436e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC25A39-208ENST00000586633 566 ntTSL 316.13■□□□□ 0.176e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC25A39-214ENST00000591151 636 ntTSL 213.19□□□□□ -0.36e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-222ENST00000533376 496 ntTSL 522.71■■□□□ 1.237e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.77e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.547e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.217e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.137e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.057e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-215ENST00000528173 5737 ntTSL 514.43□□□□□ -0.17e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-216ENST00000528615 2692 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.37e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-208ENST00000524984 3512 ntTSL 213.01□□□□□ -0.337e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-219ENST00000531879 2922 ntTSL 212.99□□□□□ -0.337e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-204ENST00000454345 4086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.387e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-220ENST00000532868 3118 ntTSL 2 BASIC12.38□□□□□ -0.437e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 DGKZ-206ENST00000524448 294 ntTSL 58.45□□□□□ -1.067e-11■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.765e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.115e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.085e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.115e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 KDM3A-204ENST00000427678 565 ntTSL 213.54□□□□□ -0.241e-8■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 WDR59-217ENST00000569229 901 ntTSL 59.22□□□□□ -0.933e-10■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 NUP85-221ENST00000583548 562 ntTSL 55.94□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 NUP85-204ENST00000577208 572 ntTSL 45.76□□□□□ -1.491e-7■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SGK1-219ENST00000524764 498 ntTSL 24.69□□□□□ -1.661e-7■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 NUP85-222ENST00000583569 553 ntTSL 54.35□□□□□ -1.711e-7■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 KDM3A-208ENST00000463013 577 ntTSL 33.79□□□□□ -1.81e-8■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 SLC7A1-201ENST00000380752 7347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.612e-9■■■■■ 36.6
SF3B4Q15427 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.42e-8■■■■■ 36.6
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 1391.5 ms