Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL4A3Q01955 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms