Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCA1P28370 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCA1P28370 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms