Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4AQ9BY43 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4AQ9BY43 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms