Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms