Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
USP53Q70EK8 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP53Q70EK8 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
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