Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC31.34■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.34■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TCOF1Q13428 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC31.31■■■□□ 2.6
TCOF1Q13428 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
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