Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms