Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms