Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL18A1P39060 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL18A1P39060 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL18A1P39060 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms