Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMARCA1P28370 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCA1P28370 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms