Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A3P25940 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL5A3P25940 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL5A3P25940 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms