Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL4A3Q01955 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms