Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXA4Q00056 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms