Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms