Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HLA-CQ95604 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HLA-CQ95604 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms