Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHD9Q3L8U1 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHD9Q3L8U1 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
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