Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN9AQ15858 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN9AQ15858 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
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