Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERVK_113P62684 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HERVK_113P62684 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms