Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN4AP35499 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN4AP35499 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms