Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC39Q9UFE4 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms