Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms