Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms