Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms