Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD3P31249 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms