Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
PCIF1Q9H4Z3 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PCIF1Q9H4Z3 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms