Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRERF1Q96PN7 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRERF1Q96PN7 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms