Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL3A1P02461 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL3A1P02461 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL3A1P02461 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms