Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
Trim28Q62318 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
Trim28Q62318 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Trim28Q62318 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
Trim28Q62318 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
Trim28Q62318 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
Trim28Q62318 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
Trim28Q62318 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Trim28Q62318 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
Trim28Q62318 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
Trim28Q62318 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
Trim28Q62318 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Trim28Q62318 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Trim28Q62318 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC33.08■■■□□ 2.89
Trim28Q62318 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC33.06■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC33.06■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Trim28Q62318 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
Trim28Q62318 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Trim28Q62318 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Trim28Q62318 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
Trim28Q62318 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Trim28Q62318 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
Trim28Q62318 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC32.82■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
Trim28Q62318 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC32.76■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC32.71■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
Trim28Q62318 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
Trim28Q62318 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Trim28Q62318 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Trim28Q62318 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
Trim28Q62318 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
Trim28Q62318 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 178 ms