Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC51,15■■■■■ 5,78
Trim28Q62318 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC47,22■■■■■ 5,15
Trim28Q62318 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,53■■■■■ 5,04
Trim28Q62318 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC44,79■■■■■ 4,76
Trim28Q62318 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,57■■■■■ 4,73
Trim28Q62318 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC44,35■■■■■ 4,69
Trim28Q62318 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC43,94■■■■■ 4,62
Trim28Q62318 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,74■■■■■ 4,59
Trim28Q62318 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,3■■■■■ 4,52
Trim28Q62318 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43,19■■■■■ 4,5
Trim28Q62318 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43,15■■■■■ 4,5
Trim28Q62318 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC42,68■■■■■ 4,42
Trim28Q62318 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC42,67■■■■■ 4,42
Trim28Q62318 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,5■■■■■ 4,39
Trim28Q62318 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,05■■■■■ 4,32
Trim28Q62318 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,84■■■■■ 4,29
Trim28Q62318 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC41,78■■■■■ 4,28
Trim28Q62318 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,53■■■■■ 4,24
Trim28Q62318 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,41■■■■■ 4,22
Trim28Q62318 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC41,35■■■■■ 4,21
Trim28Q62318 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC41,19■■■■■ 4,18
Trim28Q62318 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,19■■■■■ 4,18
Trim28Q62318 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,16■■■■■ 4,18
Trim28Q62318 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC41,11■■■■■ 4,17
Trim28Q62318 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,06■■■■■ 4,16
Trim28Q62318 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,05■■■■■ 4,16
Trim28Q62318 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41,01■■■■■ 4,16
Trim28Q62318 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC41■■■■■ 4,15
Trim28Q62318 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC40,94■■■■■ 4,14
Trim28Q62318 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40,67■■■■■ 4,1
Trim28Q62318 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40,62■■■■■ 4,09
Trim28Q62318 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,56■■■■■ 4,08
Trim28Q62318 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,52■■■■■ 4,08
Trim28Q62318 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,49■■■■■ 4,07
Trim28Q62318 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC40,39■■■■■ 4,06
Trim28Q62318 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC40,21■■■■■ 4,03
Trim28Q62318 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC40,16■■■■■ 4,02
Trim28Q62318 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,95■■■■□ 3,99
Trim28Q62318 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,92■■■■□ 3,98
Trim28Q62318 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,83■■■■□ 3,97
Trim28Q62318 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39,82■■■■□ 3,97
Trim28Q62318 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,58■■■■□ 3,93
Trim28Q62318 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39,55■■■■□ 3,92
Trim28Q62318 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,54■■■■□ 3,92
Trim28Q62318 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC39,42■■■■□ 3,9
Trim28Q62318 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,41■■■■□ 3,9
Trim28Q62318 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC39,39■■■■□ 3,9
Trim28Q62318 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC39,35■■■■□ 3,89
Trim28Q62318 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39,32■■■■□ 3,88
Trim28Q62318 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC39,14■■■■□ 3,86
Trim28Q62318 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC39,13■■■■□ 3,86
Trim28Q62318 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC39,13■■■■□ 3,85
Trim28Q62318 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,07■■■■□ 3,84
Trim28Q62318 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39,03■■■■□ 3,84
Trim28Q62318 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,88■■■■□ 3,82
Trim28Q62318 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC38,88■■■■□ 3,81
Trim28Q62318 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC38,79■■■■□ 3,8
Trim28Q62318 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,78■■■■□ 3,8
Trim28Q62318 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC38,78■■■■□ 3,8
Trim28Q62318 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,68■■■■□ 3,78
Trim28Q62318 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC38,62■■■■□ 3,77
Trim28Q62318 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,49■■■■□ 3,75
Trim28Q62318 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,49■■■■□ 3,75
Trim28Q62318 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,49■■■■□ 3,75
Trim28Q62318 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC38,49■■■■□ 3,75
Trim28Q62318 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC38,49■■■■□ 3,75
Trim28Q62318 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38,38■■■■□ 3,73
Trim28Q62318 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,37■■■■□ 3,73
Trim28Q62318 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC38,35■■■■□ 3,73
Trim28Q62318 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC38,34■■■■□ 3,73
Trim28Q62318 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC38,31■■■■□ 3,72
Trim28Q62318 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38,31■■■■□ 3,72
Trim28Q62318 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,29■■■■□ 3,72
Trim28Q62318 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC38,27■■■■□ 3,72
Trim28Q62318 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,2■■■■□ 3,71
Trim28Q62318 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC38,19■■■■□ 3,7
Trim28Q62318 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38,17■■■■□ 3,7
Trim28Q62318 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38,13■■■■□ 3,69
Trim28Q62318 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC38,11■■■■□ 3,69
Trim28Q62318 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC38,07■■■■□ 3,68
Trim28Q62318 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37,96■■■■□ 3,67
Trim28Q62318 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC37,96■■■■□ 3,67
Trim28Q62318 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,96■■■■□ 3,67
Trim28Q62318 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC37,93■■■■□ 3,66
Trim28Q62318 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC37,93■■■■□ 3,66
Trim28Q62318 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37,88■■■■□ 3,66
Trim28Q62318 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,88■■■■□ 3,65
Trim28Q62318 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,87■■■■□ 3,65
Trim28Q62318 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37,87■■■■□ 3,65
Trim28Q62318 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC37,84■■■■□ 3,65
Trim28Q62318 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,76■■■■□ 3,63
Trim28Q62318 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,75■■■■□ 3,63
Trim28Q62318 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37,71■■■■□ 3,63
Trim28Q62318 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37,68■■■■□ 3,62
Trim28Q62318 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC37,68■■■■□ 3,62
Trim28Q62318 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37,58■■■■□ 3,61
Trim28Q62318 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC37,45■■■■□ 3,59
Trim28Q62318 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,45■■■■□ 3,59
Trim28Q62318 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC37,44■■■■□ 3,58
Trim28Q62318 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC37,42■■■■□ 3,58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11 ms