Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Nkx3-1P97436 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Nkx3-1P97436 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Nkx3-1P97436 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Nkx3-1P97436 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Nkx3-1P97436 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Nkx3-1P97436 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 AC158592.1-201ENSMUST00000215560 1113 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Nkx3-1P97436 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Nkx3-1P97436 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Nkx3-1P97436 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Nkx3-1P97436 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Nkx3-1P97436 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Nkx3-1P97436 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Nkx3-1P97436 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Nkx3-1P97436 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12 ms