Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
Nkx3-1P97436 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
Nkx3-1P97436 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
Nkx3-1P97436 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
Nkx3-1P97436 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
Nkx3-1P97436 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
Nkx3-1P97436 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Nkx3-1P97436 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Nkx3-1P97436 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Nkx3-1P97436 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Nkx3-1P97436 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Nkx3-1P97436 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Nkx3-1P97436 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
Nkx3-1P97436 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Nkx3-1P97436 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
Nkx3-1P97436 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Nkx3-1P97436 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Nkx3-1P97436 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Nkx3-1P97436 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Nkx3-1P97436 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Nkx3-1P97436 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Nkx3-1P97436 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Nkx3-1P97436 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
Nkx3-1P97436 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Nkx3-1P97436 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Nkx3-1P97436 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Nkx3-1P97436 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Nkx3-1P97436 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Nkx3-1P97436 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
Nkx3-1P97436 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Nkx3-1P97436 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Nkx3-1P97436 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Nkx3-1P97436 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
Nkx3-1P97436 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Nkx3-1P97436 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Nkx3-1P97436 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Nkx3-1P97436 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Nkx3-1P97436 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Nkx3-1P97436 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Nkx3-1P97436 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Nkx3-1P97436 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
Nkx3-1P97436 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Nkx3-1P97436 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Nkx3-1P97436 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Nkx3-1P97436 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
Nkx3-1P97436 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Nkx3-1P97436 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
Nkx3-1P97436 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Nkx3-1P97436 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Nkx3-1P97436 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Nkx3-1P97436 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Nkx3-1P97436 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Nkx3-1P97436 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Nkx3-1P97436 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Nkx3-1P97436 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Nkx3-1P97436 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Nkx3-1P97436 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Nkx3-1P97436 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Nkx3-1P97436 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Nkx3-1P97436 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Nkx3-1P97436 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Nkx3-1P97436 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Nkx3-1P97436 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Nkx3-1P97436 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Nkx3-1P97436 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Nkx3-1P97436 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Nkx3-1P97436 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Nkx3-1P97436 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Nkx3-1P97436 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Nkx3-1P97436 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Nkx3-1P97436 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Nkx3-1P97436 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
Nkx3-1P97436 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Nkx3-1P97436 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
Nkx3-1P97436 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Nkx3-1P97436 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Nkx3-1P97436 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Nkx3-1P97436 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Nkx3-1P97436 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Nkx3-1P97436 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Nkx3-1P97436 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Nkx3-1P97436 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Nkx3-1P97436 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Nkx3-1P97436 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Nkx3-1P97436 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Nkx3-1P97436 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Nkx3-1P97436 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Nkx3-1P97436 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Nkx3-1P97436 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Nkx3-1P97436 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Nkx3-1P97436 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Nkx3-1P97436 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Nkx3-1P97436 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Nkx3-1P97436 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Nkx3-1P97436 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Nkx3-1P97436 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Nkx3-1P97436 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms