Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC33,71■■■□□ 2,99
Nkx3-1P97436 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC31,23■■■□□ 2,59
Nkx3-1P97436 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,81■■■□□ 2,52
Nkx3-1P97436 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC29,34■■■□□ 2,29
Nkx3-1P97436 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC29,25■■■□□ 2,27
Nkx3-1P97436 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC28,65■■■□□ 2,18
Nkx3-1P97436 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,54■■■□□ 2,16
Nkx3-1P97436 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,45■■■□□ 2,14
Nkx3-1P97436 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28,39■■■□□ 2,14
Nkx3-1P97436 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,2■■■□□ 2,11
Nkx3-1P97436 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC28,15■■■□□ 2,1
Nkx3-1P97436 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,99■■■□□ 2,07
Nkx3-1P97436 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,83■■■□□ 2,04
Nkx3-1P97436 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,4■■□□□ 1,98
Nkx3-1P97436 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC27,35■■□□□ 1,97
Nkx3-1P97436 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,34■■□□□ 1,97
Nkx3-1P97436 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27,13■■□□□ 1,93
Nkx3-1P97436 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC27,12■■□□□ 1,93
Nkx3-1P97436 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27,07■■□□□ 1,92
Nkx3-1P97436 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,95■■□□□ 1,9
Nkx3-1P97436 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,93■■□□□ 1,9
Nkx3-1P97436 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,87■■□□□ 1,89
Nkx3-1P97436 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC26,83■■□□□ 1,89
Nkx3-1P97436 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,77■■□□□ 1,88
Nkx3-1P97436 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,76■■□□□ 1,87
Nkx3-1P97436 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,73■■□□□ 1,87
Nkx3-1P97436 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,71■■□□□ 1,87
Nkx3-1P97436 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC26,66■■□□□ 1,86
Nkx3-1P97436 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC26,65■■□□□ 1,86
Nkx3-1P97436 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,59■■□□□ 1,85
Nkx3-1P97436 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26,51■■□□□ 1,83
Nkx3-1P97436 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,48■■□□□ 1,83
Nkx3-1P97436 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC26,3■■□□□ 1,8
Nkx3-1P97436 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,27■■□□□ 1,8
Nkx3-1P97436 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,15■■□□□ 1,78
Nkx3-1P97436 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26,11■■□□□ 1,77
Nkx3-1P97436 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1,75
Nkx3-1P97436 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC25,97■■□□□ 1,75
Nkx3-1P97436 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,93■■□□□ 1,74
Nkx3-1P97436 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC25,92■■□□□ 1,74
Nkx3-1P97436 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC25,83■■□□□ 1,73
Nkx3-1P97436 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25,82■■□□□ 1,72
Nkx3-1P97436 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25,8■■□□□ 1,72
Nkx3-1P97436 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC25,77■■□□□ 1,72
Nkx3-1P97436 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC25,69■■□□□ 1,7
Nkx3-1P97436 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC25,64■■□□□ 1,7
Nkx3-1P97436 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC25,61■■□□□ 1,69
Nkx3-1P97436 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,56■■□□□ 1,68
Nkx3-1P97436 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,5■■□□□ 1,67
Nkx3-1P97436 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,37■■□□□ 1,65
Nkx3-1P97436 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,32■■□□□ 1,64
Nkx3-1P97436 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25,31■■□□□ 1,64
Nkx3-1P97436 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,31■■□□□ 1,64
Nkx3-1P97436 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC25,3■■□□□ 1,64
Nkx3-1P97436 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC25,25■■□□□ 1,63
Nkx3-1P97436 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC25,24■■□□□ 1,63
Nkx3-1P97436 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC25,19■■□□□ 1,62
Nkx3-1P97436 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC25,13■■□□□ 1,61
Nkx3-1P97436 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC25,13■■□□□ 1,61
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC25,12■■□□□ 1,61
Nkx3-1P97436 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25,07■■□□□ 1,6
Nkx3-1P97436 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,05■■□□□ 1,6
Nkx3-1P97436 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25,05■■□□□ 1,6
Nkx3-1P97436 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC25,02■■□□□ 1,6
Nkx3-1P97436 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1,59
Nkx3-1P97436 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC24,99■■□□□ 1,59
Nkx3-1P97436 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24,98■■□□□ 1,59
Nkx3-1P97436 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC24,94■■□□□ 1,58
Nkx3-1P97436 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24,92■■□□□ 1,58
Nkx3-1P97436 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,9■■□□□ 1,58
Nkx3-1P97436 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,89■■□□□ 1,58
Nkx3-1P97436 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,89■■□□□ 1,58
Nkx3-1P97436 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC24,89■■□□□ 1,58
Nkx3-1P97436 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC24,86■■□□□ 1,57
Nkx3-1P97436 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC24,85■■□□□ 1,57
Nkx3-1P97436 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24,84■■□□□ 1,57
Nkx3-1P97436 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,82■■□□□ 1,56
Nkx3-1P97436 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24,8■■□□□ 1,56
Nkx3-1P97436 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,79■■□□□ 1,56
Nkx3-1P97436 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24,77■■□□□ 1,56
Nkx3-1P97436 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24,72■■□□□ 1,55
Nkx3-1P97436 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC24,71■■□□□ 1,55
Nkx3-1P97436 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24,69■■□□□ 1,54
Nkx3-1P97436 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24,68■■□□□ 1,54
Nkx3-1P97436 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,68■■□□□ 1,54
Nkx3-1P97436 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,64■■□□□ 1,54
Nkx3-1P97436 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC24,58■■□□□ 1,53
Nkx3-1P97436 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,58■■□□□ 1,52
Nkx3-1P97436 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,55■■□□□ 1,52
Nkx3-1P97436 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,55■■□□□ 1,52
Nkx3-1P97436 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24,54■■□□□ 1,52
Nkx3-1P97436 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,49■■□□□ 1,51
Nkx3-1P97436 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC24,49■■□□□ 1,51
Nkx3-1P97436 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,47■■□□□ 1,51
Nkx3-1P97436 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,46■■□□□ 1,51
Nkx3-1P97436 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24,44■■□□□ 1,5
Nkx3-1P97436 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,43■■□□□ 1,5
Nkx3-1P97436 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24,42■■□□□ 1,5
Nkx3-1P97436 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC24,42■■□□□ 1,5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 104,3 ms