Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.94■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
PRPF40AO75400 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC30.84■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
PRPF40AO75400 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC30.81■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
PRPF40AO75400 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
PRPF40AO75400 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
PRPF40AO75400 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
PRPF40AO75400 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
PRPF40AO75400 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
PRPF40AO75400 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
PRPF40AO75400 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
PRPF40AO75400 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms