Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC87Q9NVE4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC87Q9NVE4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms