Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP41Q3LFD5 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP41Q3LFD5 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms