Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL7A1Q02388 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
COL7A1Q02388 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms