Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL4A3Q01955 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms