Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.9 ms