Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms