Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms