Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
CUX1P39880 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
CUX1P39880 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
CUX1P39880 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.31
CUX1P39880 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.31
CUX1P39880 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CUX1P39880 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CUX1P39880 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CUX1P39880 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CUX1P39880 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CUX1P39880 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CUX1P39880 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CUX1P39880 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CUX1P39880 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CUX1P39880 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CUX1P39880 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
CUX1P39880 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
CUX1P39880 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC35.7■■■■□ 3.31
CUX1P39880 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
CUX1P39880 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC35.7■■■■□ 3.3
CUX1P39880 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CUX1P39880 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CUX1P39880 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CUX1P39880 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CUX1P39880 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CUX1P39880 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CUX1P39880 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
CUX1P39880 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CUX1P39880 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CUX1P39880 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.66■■■■□ 3.3
CUX1P39880 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
CUX1P39880 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC35.66■■■■□ 3.3
CUX1P39880 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms