Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SCN4AP35499 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms