Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXD4P09016 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms