Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP3Q9Y3E7 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms