Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC113Q9H0I3 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms